Powstanie rachunku VAT związane jest z wprowadzeniem mechanizmu podzielonej płatności (MPP). Sposób zastosowania MPP wynika bezpośrednio z art. 108a ust. 2 ustawy o VAT i polega na rozdzieleniu płatności za fakturę na dwa konta należące do odbiorcy. Kwota netto płacona jest na rachunek podstawowy (lub rozliczana w inny sposób), natomiast wartość podatku na dedykowane konto VAT.
Zastosowanie mechanizmu podzielonej płatności jest obowiązkowe jedynie w przypadku łącznego wystąpienia określonych okoliczności:
Banki zobowiązane zostały do stworzenia odpowiednich komunikatów przelewu umożliwiających dokonanie płatności z zastosowaniem MPP oraz dodatkowych kont VAT dla każdego przedsiębiorcy. W taki sposób na rachunku VAT gromadzone są środki, które można później przeznaczyć na ściśle określone wydatki.
Przedsiębiorcy, pomimo gromadzenia funduszy na koncie VAT nie mogą ich dobrowolnie wykorzystywać. Mają prawo do przeznaczenia środków jedynie na konkretne wydatki, które określone zostały w art. 62b ust. 1 i 2 ustawy Prawo bankowe. Zgodnie z przepisami z konta VAT opłacić można m.in:
Odzyskanie środków z rachunku VAT jest możliwe. W tym celu przedsiębiorca musi złożyć wniosek w odpowiednim urzędzie skarbowym. Pismo powinno zawierać informację o wysokości kwoty oraz numer rachunku bankowego na który ma zostać ona przekazana. Po upływie 60 dni od daty otrzymania wniosku naczelnik urzędu skarbowego wydaje decyzję. W postanowieniu wskazana zostaje kwota przyznana do wypłaty. Jednocześnie informacja o pozytywnym rozpatrzeniu wniosku trafia do banku, który następnie dokonuje transferu środków. W uzasadnionych przypadkach naczelnik urzędu skarbowego może odmówić uwolnienia środków. Dzieje się to w przypadku, gdy przedsiębiorca ma zaległości w płatności zobowiązań podatkowych lub jeśli istnieje prawdopodobieństwo, że zobowiązania te nie będą opłacane w przyszłości.